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该作品讲述一间历史悠久的住宿制女子高中私立八光学园开始招收男学生的故事。

男主角玄野计在地铁的月台看见小学时代的好友加藤胜。当时正义感强烈的加藤打算把摔落轨道上的醉汉抬上月台，因此向在场的玄野寻求协助。两人却一起遭进站的电车撞死。 瞬间，他们出现在一所高级公寓的室内，里面聚集著本来应该死了的人们。房间中央有一个神秘的大黑球“GANTZ”。“GANTZ”给出指示：“消灭”外星人，然后所有人再被传送到另一地方。 被神秘物体“GANTZ”聚集，应该死了的人们也不明白理由，他们必须与神秘的外星人作战。他们为何必须战斗？并且，他们能够生存下来吗？

巨大组织“艾格里”的外星生命“阿札桀尔”的专职研究机构，目的是研发新武器，为此“艾格里”培养了一群基因改造的小孩，“爱丽丝”正是这群小孩之一。但在“爱丽丝”及同伴企图逃离“艾格里”时惨遭杀害，在“爱丽丝”的绝望之中，最初的“阿札桀尔”便和“爱丽丝”的精神结合，成为“爱丽丝”的化身，并诞生了“魔兽”、“骑士”、“白兔”、“心之女王”等4个ARMS的原核。

公元2009年，东都大学附设医院的脑外科医生南方仁帮一个看不清面目的人动了手术取出脑中的畸胎瘤，并因这个病人意外跌落阶梯，回到文久二年（公元1862年）。 在幕末，南方仁遇见了在时代潮流中求生的平民，也邂逅许多名留青史的大人物。在那个卫生条件欠佳、医学不发达的时代，他以精湛的医术拯救了不少生命，并企图将自己的医学知识完全传授给其他医生，即使有可能改变历史也在所不惜。

你有推理的才能，让我把你调教成我喜欢的样子吧！有校内第一美女评价的白银百合子，是个十分喜爱推理解谜的广岛腔女高中生。对她一见钟情的转学生?户入，就这样加入了推理解谜研究会…？用案件来点缀朴素的日常，推理解谜×日常的喜剧！